##### Model ################ # TITLE:Heat Shock Response No.13 # INFO:Model of HSP13 # CONVERSION TYPE # GENE-PROTEIN:TPP_RAPID # METABOLIC:NONE N_VAR ; 28; # num of variables(all) N_ALGEBR; 19; # num of variables(Algebraic Eq) #Y_START ; index; initial_value; tag #comment Y_START ; 1; 6.533896e-010; s70.cyt # Y_START ; 2; 2.781808e-010; RNAP.cyt # Y_START ; 3; 5.653278e-011; s32.cyt # Y_START ; 4; 9.867392e-007; FtsH.cyt # Y_START ; 5; 1.011682e-006; DnaK.cyt # Y_START ; 6; 2.485974e-005; Protein.cyt # Y_START ; 7; 8.597392e-006; Enhancer(s32).cyt # Y_START ; 8; 7.501890e-008; Enhancer(HSP).cyt # Y_START ; 9; 1.817649e-010; s70:RNAP.cyt # Y_START ; 10; 1.562684e-006; Enhancer(s32):s70:RNAP.cyt # Y_START ; 11; 1.572768e-011; RNAP:s32.cyt # Y_START ; 12; 1.179830e-009; Enhancer(HSP):RNAP:s32.cyt # Y_START ; 13; 5.719318e-010; s32:DnaK.cyt # Y_START ; 14; 5.578348e-009; s32:FtsH.cyt # Y_START ; 15; 2.515006e-005; Protein:DnaK.cyt # Y_START ; 16; 1.855775e-008; D:s70:RNAP.cyt # Y_START ; 17; 2.144827e-007; D:RNAP:s32.cyt # Y_START ; 18; 3.282696e-006; RNAP:D.cyt # Y_START ; 19; 5.643372e-008; s32:DnaK:FtsH.cyt # Y_START ; 20; 5.029962e-003; Protein-f.cyt # Y_START ; 21; 1.562684e-008; mRNA(s32).cyt # Y_START ; 22; 3.932682e-008; mRNA(DnaK).cyt # Y_START ; 23; 1.573124e-009; mRNA(FtsH).cyt # Y_START ; 24; 7.620000e-006; mRNA(Protein).cyt # Y_START ; 25; 8.239506e-008; Ts32.cyt # Y_START ; 26; 1.048741e-006; TFtsH.cyt # Y_START ; 27; 2.621788e-005; TDnaK.cyt # Y_START ; 28; 5.001006e-005; TProtein.cyt # #PARAM;name;index;val;val_start;num_survey;D/R/S;change-val;GA_min;GA_max;tag #comment PARAM ;constantPlayer; 1; 1.18e-2;;0;D;;;; D.cyt # PARAM ;constantPlayer; 2; 2.54e-9;;0;D;;;; Gene(s32).cyt # PARAM ;constantPlayer; 3; 2.54e-9;;0;D;;;; Gene(DnaK).cyt # PARAM ;constantPlayer; 4; 2.54e-9;;0;D;;;; Gene(FtsH).cyt # PARAM ;constantPlayer; 5; 2.54e-9;;0;D;;;; Gene(Protein).cyt # PARAM ;constantPlayer; 6; 1778e-9;;0;D;;;; Ts70.cyt # PARAM ;constantPlayer; 7; 5080e-9;;0;D;;;; TRNAP.cyt # PARAM ;constantPlayer; 8; 10160e-9;;0;D;;;; TEnhancer(s32).cyt # PARAM ;constantPlayer; 9; 76.2e-9;;0;D;;;; TEnhancer(HSP).cyt # PARAM ;Kb ; 1; 1e+09;;0;D;;;; binding_constant_RNAP.cyt_s70.cyt # PARAM ;Kb ; 2; 1e+09;;0;D;;;; binding_constant_Enhancer(s32).cyt_s70:RNAP.cyt # PARAM ;Kb ; 3; 1e+09;;0;D;;;; binding_constant_RNAP.cyt_s32.cyt # PARAM ;Kb ; 4; 1e+09;;0;D;;;; binding_constant_Enhancer(HSP).cyt_RNAP:s32.cyt # PARAM ;Kb ; 5; 1e+07;;0;D;;;; binding_constant_DnaK.cyt_s32.cyt # PARAM ;Kb ; 6; 1e+08;;0;D;;;; binding_constant_FtsH.cyt_s32.cyt # PARAM ;Kb ; 7; 1e+06;;0;D;;;; binding_constant_DnaK.cyt_Protein.cyt # PARAM ;Kb ; 8; 1e+05;;0;D;;;; binding_constant_D.cyt_s70:RNAP.cyt # PARAM ;Kb ; 9; 1e+05;;0;D;;;; binding_constant_D.cyt_RNAP:s32.cyt # PARAM ;Kb ; 10; 1e+06;;0;D;;;; binding_constant_D.cyt_RNAP.cyt # PARAM ;Kb ; 11; 1e+08;;0;D;;;; binding_constant_FtsH.cyt_s32:DnaK.cyt # PARAM ;kx ; 1; 5;;0;D;;;; reaction_rate_constant_FtsH.cyt_s32.cyt # PARAM ;kx ; 2; 75;;0;D;;;; reaction_rate_constant_Protein-f.cyt # PARAM ;kx ; 3; 1.5e+04;;0;D;;;; reaction_rate_constant_DnaK.cyt_Protein.cyt # PARAM ;kx ; 4; 5;;0;D;;;; reaction_rate_constant_FtsH.cyt_s32:DnaK.cyt # PARAM ;kp ; 1; 20;;0;D;;;; translation_rate_constant_mRNA(s32).cyt # PARAM ;kp ; 2; 20;;0;D;;;; translation_rate_constant_mRNA(FtsH).cyt # PARAM ;kp ; 3; 20;;0;D;;;; translation_rate_constant_mRNA(DnaK).cyt # PARAM ;kp ; 4; 20;;0;D;;;; translation_rate_constant_mRNA(Protein).cyt # PARAM ;kpd ; 1; 0.03;;0;D;;;; decomposition_rate_constant_s32.cyt # PARAM ;kpd ; 2; 0.03;;0;D;;;; decomposition_rate_constant_FtsH.cyt # PARAM ;kpd ; 3; 0.03;;0;D;;;; decomposition_rate_constant_DnaK.cyt # PARAM ;kpd ; 4; 0.03;;0;D;;;; decomposition_rate_constant_Protein.cyt # PARAM ;kpd ; 5; 0.03;;0;D;;;; decomposition_rate_constant_Protein-f.cyt # PARAM ;kpd ; 6; 1;;0;D;;;; decomposition_rate_constant_s70:RNAP.cyt # Not Used!! 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